平背麝香龟体长7.6-11.4cm,头和颈部稍带绿色,并覆盖着深色的网状图案,下颚有一对触须。四肢有脚蹼,雄性尾巴粗而长,颜色一般为褐色。背甲非常的平坦,两侧的斜坡形成了一个大于100度的角度。幼体时,斜面的角度与高度的比率大约为9.5:1。背部中央有一条比较钝的、不太明显的脊椎骨。背甲前端两侧的缘盾略微呈锯齿状,每块脊椎盾甲都与后方盾甲前端交迭,第1块脊椎盾甲比较的长,从不于第2块缘盾相接触,另外4块脊椎盾甲的宽度大于其自身的长度,第5块则向后方扩展。背甲的颜色为黄褐色和咖啡色,伴有黑色或咖啡色的斑点与条纹。盾甲间有明显的黑色交界线,腹甲为粉色和黄褐色,有*的一块喉盾。在腹盾的前端是一块不太清晰的铰链盖,腹甲大小排列的顺序为:腹盾>胸盾>臀盾>肋盾>喉盾。头部的大小适中,有不完全类似于钩状的上颚,在橄榄色头背部是完美的黑色网状条纹和斑点,在成体后有适度的扩大。
麝香龟是一种相对较小的龟类,平均长度为8-14厘米。头浅褐色,较大,头预两侧有两条白色条纹,颌喉处有触须, 缩入背甲下,背壳为棕色或黑色,并具有光滑的椭圆形和高圆顶,较隆起;幼龟甲壳通常是黑色且粗糙的。腹甲较小,各腹盾片间充满乳白色皮肤,尾较短小。雄龟尾比雌龟长且粗(重165克的雄龟尾长3.5厘米)。雄性与雌性的不同之处在于,雄性的的头更大,尾巴长而粗壮,带有脊椎,后腿内侧有鳞片倾斜区域。
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