密西西比麝香龟的繁殖方式为卵生,在水温22-26℃,体重90-195克的成熟亲龟便进行交配。交配在水中进行、雄龟追逐雌龟几分钟后,待雌龟稍停,雄他从其后面迅速爬上雌后背,用前肢抱抓雌龟背部,并疼交接器送入雌龟泄殖孔内,雄龟伸长脖颈,有时随雌龟在水底爬动。

麝香龟会在腐烂的原木或枯叶下的水边挖浅窝,有时雌龟每年会筑巢2次或更多次。有时雌雄一起筑巢。在水下交配,然后雌龟在2-6月产下1-9个卵。幼体在60-84天后孵化。
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