外形特征不同

1.真鳄龟：真鳄龟保持了原始龟的特征，嘴巴、背甲盾片、红舌都很奇特。嘴巴前端的上下颌呈钩状，似老鹰嘴一般，锋利无比，可咬断人的手指。背甲的边缘有许多像锯齿状的突起，眼睛长在口的两侧，小而有神，头和颈上有许多肉突，它的头和脚不能缩入壳内。

2.佛鳄龟：佛鳄龟长相奇特，体形较大，其头部呈三角形，顶部灰褐色，散布有小黑斑点，并有数粒小突起物呈刺状，头部不能完全缩人壳内。龟的口裂较大，达眼睛后部，颈长，呈淡黄色。背甲宽短，长与宽几乎相近，成体背甲棕褐色(幼体黑色)，每块盾片均有突起成棘状，且从棘的顶点向左、右、前三个方向形成放射状条纹，背甲后缘呈锯齿状。

分布范围不同

1.真鳄龟：大鳄龟主要栖息在美国的密西西比河流域。密西西比河的大部分地区，阿拉巴马州的南方。

2.佛鳄龟：主要分布于北美洲和中美洲，以美国东南部为盛。

生活习性不同

1.真鳄龟：真鳄龟生活在河流、湖泊、池塘及沼泽中，以鱼类、水鸟、螺、虾、水蛇等为食。喜伏于水中的泥沙、灌木、杂草中。鳄龟漂浮在水中时，借助其背甲上保护色像一块烂木头漂浮在水中，很不容易被发现。

2.佛鳄龟：为杂食性，如野果、植物茎叶、小虾、小蟹、小鱼、蛆、蜗牛、蚯蚓、水蛭、小蛙、蟾蜍、蝾螈、淡水寄生虫、小型哺乳动物及各种各样的藻;生活于淡水中，如湖、河、沼泽地及水潭，也可生活于含盐较低的咸水中，如港湾、河口湾。